หลังจากที่ต้องออกจากถ้ำกระบอก พร้อมคำสาบานที่ท่านจำรูญ พระพี่ชายให้สาบานแล้วนั้น
แต่ไม่วาย ก็ยังถูกท่านจำรูญแจ้งจับ และให้คนตามล่า จนต้องหนีไปอยู่ลาว
รอจนลูกศิษย์เคลียร์เรื่องและคดีจนจบ จึงได้กลับมา
จวบจนกระทั่งปี ๓๐ ที่เริ่มมีอาการของโรคมะเร็ง จึงร้องขอท่านจำรูญเปิดสำนัก เพื่อนำตำราแม่มาหาบุญรักษาตัว
ท่านจำรูญอนุญาติให้เปิดสำนัก แต่ห้ามบวช จึงได้เกิดสำนักสงฆ์เล็กๆที่ ซอย ๖ สายตรี ต.โคกตูม อ.เมือง ลพบุรี ชื่อว่า "สำนักสงฆ์ ลำบาลี" เกิดขึ้น
เวลาผ่านไปไม่นาน ก็เริ่มเกิดสภาวะที่คนแห่แหนกันมาจนเนืองแน่น หลวงพ่อนิพนธ์ก็แบกภาระไม่ไหว พร้อมกับเริ่มเกิดปรากฎการณ์ที่ทำให้หลวงพ่อนิพนธ์เกิดความเบื่อหน่าย นั่นคือ "การพูดกันไม่รู้เรื่อง" ระหว่างท่านกับคนที่มา
สิ่งนี้เอง ทำให้เกิดปัญหาตามมามากมาย จนในท้ายที่สุด หลวงพ่อนิพนธ์ตัดสินใจปิดสำนัก แล้วย้ายพระไปอยู่ศรีสวัสดิ์แทน
สำนักสงฆ์เล็กๆ ก็ได้ถือกำเนิดขึ้น ในชื่อ สำนักสงฆ์ "มนต์บาลี" ที่ศรีสวัสดิ์ ปรากฎการณ์ที่หลวงพ่อนิพนธ์ไม่คาดคิด ก็เกิดขึ้น คือ บริเวณไหล่เขาที่ล้อมสำนักสงฆ์ มีชาวเขา และชาวบ้าน มาปลูกเพิงล้อมไว้หมด คล้ายดั่งเช่นที่ลพบุรี
ด้วยความไม่พร้อมที่รองรับคนป่วย การปิดแล้วย้ายพระหนี จึงเกิดขึ้นอีกครั้ง กลายมาเป็นสำนักสงฆ์เล็กๆ ที่อยู่ในป่า ห่างไกลคน และบ้านเรือน เพราะเป็นพื้นที่ที่กันดารที่สุดในประเทศไทย นั่นคือ บริเวณ ต.หนองกุ่ม อ.บ่อพลอย จ.กาญจนบุรี
พื้นที่ที่กันดาร ห่างไกลผู้คน กลับเต็มไปด้วยผู้คนในเวลาไม่นาน ในขณะเดียวกันนี้ หลวงพ่อนิพนธ์ ได้มีดำริให้สร้าง ร้านขนมชื่อ "ศาลาขนมไทย" เพื่อเป็นทุนในการสนับสนุนกิจกรรมของพระ
ไม่ถึงปี สำนักสงฆ์ดังกล่าวก็ต้องปิดตัวลง เพราะทนภาระที่แบกรับจากคลื่นมหาชนไม่ไหว
การดำเนินงาน จึงยุบมาเหลือที่ศาลาขนมไทยเพียงแห่งเดียว
ในช่วงจังหวะนี้เอง จึงได้เกิดคณะกรรมการชุดแรก มีความประสงค์เพื่อสนับสนุนหลวงพ่อนิพนธ์ในด้านทุน เพื่อจัดหาสมุนไพรรองรับคนที่มา จึงเกิด "ชมรมคนรักสุขภาพ" ขึ้นมาในช่วงนี้เอง
หลังจากชมรมก่อตั้งไม่นาน การคาดการณ์ที่ตั้งไว้ผิดพลาด เพราะอัตราการขยายตัวของปริมาณคนไข้เพิ่มขึ้นเร็วกว่าที่คาดคิดไว้มากนัก
ศาลาขนมไทย กว้างกว่าสิบคูหา แคบลงไปในเวลาอันรวดเร็ว ส่งผลให้เกิดปรากฎการรถติด เพราะอยู่ติดถนนใหญ่ จนทางหลวงต้องร้องขอความร่วมมือ
คณะกรรมการชมรม จึงได้ขยายพื้นที่มาด้านหลัง ฝั่งตรงข้ามทางรถไฟ บนเนื้อที่ประมาณ ๔ ไร่ ในขณะที่ยังใช้ชื่อเดิมอยู่
เพียงครึ่งปีผ่านไป พื้นที่ดังกล่าวก็เต็มอีก ทำให้ต้องมีการขยายบริเวณอีกสองครั้ง จนเท่าปัจจุบัน
ศาลาขนมไทยในอดีต ก็เริ่มผุพัง คณะกรรมการจึงได้มีความเห็นให้จัดตั้ง มูลนิธิขึ้น เพื่อรองรับผู้ป่วยได้เต็มที่ และรื้อศาลาขนมไทยที่อยู่ด้านหน้าริมถนนออก จนเหลือแต่เสาและแนวกำแพงในปัจจุบัน
ชื่อที่คนรู้จักในอดีตที่เรียกกันติดปาก คือ "ศาลา" อันมีที่มาจาก "ศาลาขนมไทย" หรือ ชมรมคนรักสุขภาพ จวบจนปัจจุบัน ก็ได้กลายมาเป็นมูลนิธิไทยกรุณา
โดยความจริงแล้ว ชื่อที่ใช้ดำเนินการยังคงเป็น "ชมรมคนรักสุขภาพ" โดยมีมูลนิธิไทยกรุณาให้การสนับสนุนนั่นเอง
สิ่งที่มูลนิธิไทยกรุณาแตกต่างจากที่อื่นคือ การเปิดรับบริจาค จะรับเฉพาะจากสมาชิกของชมรมคนรักสุขภาพเท่านั้น ไม่รับจากคนนอกชมรม และจะเปิดรับเป็นครั้งคราว และรอจนกระทั่งเงินใกล้หมดจึงจะเปิดรับใหม่อีกครั้ง
การสร้างเพจนี้ จึงไม่ใช่เพื่อการโฆษณา หากแต่เป็นที่ถ่ายทอดความรู้ ที่ได้ฟัง ได้พบเห็น รวบรวมมาให้เป็นประโยชน์แก่ผู้สนใจ อันจะก่อให้เกิดความเข้าใจที่ถูกต้อง ไม่สับสน เพื่อนำไปช่วยตนได้สำเร็จ ตามเจตนาของหลวงพ่อนิพนธ์เท่านั้น