ตำนานบทหนึ่งของถ้ำกระบอก คือ วัดคลองเม่าธรรมโกศล จ.ลพบุรี สถานที่ที่ซึ่งแม่ชีเมี้ยนได้ใช้เป็นสถานที่พักพระ ๙ รูป ก่อนที่จะพาขึ้นไปพำนักยังถ้ำกระบอก ในเดือนมกราคม ปี ๒๕๐๑
ความสงสัยของพระ จึงได้ก่อเกิดคำถามว่า ทำไมหลวงพ่อใหญ๋ หรือ แม่ชีเมี้ยนจึงเลือกวัดคลองเม่า
แม่ชีเมี้ยน ได้ตรัสว่า ภารกิจสุดท้ายของพระพุทธเจ้าทุกพระองค์ นั่นคือการเดินทางมาเพื่อวางธรรม ในสถานที่ที่พระพุทธเจ้าองค์ใหม่จะอุบัติขึ้นมาต่อยุคของท่านนั่นเอง
พระโคดม จึงเสด็จมายังประเทศไทย ผ่านภาคเหนือ มาจนถึงสระบุรี ซึ่งในสมัยนั้นยังเป็นชายทะเลอยู่
ครั้นเดินถึงบริเวณวัดคลองเม่า ท่านทรงถูกหนามไผ่ตำ จนต้องใช้ใบไผ่ซ้อนกัน แล้วร้อยด้วยเชือก พันแผล และเดินต่อ
ณ แผ่นดินนี้ จึงมีตำนานอันเป็นรากฐานของพระพุทธศาสนา ในแผ่นดินไทย แม่ชีเมี้ยนจึงเลือกวัดคลองเม่าเป็นที่พำนักนั่นเอง
ตำนานอีกบทหนึ่งของถ้ำกระบอก คือ "ทำไมต้องถ้ำกระบอก"
แม่ชีเมี้ยนได้ตรัสตอบพระว่า เมื่อพระพุทธเจ้าเดินผ่านวัดคลองเม่ามา และเสด็จมาถึงสระบุรี ประชาชนผู้เลื่อมใส ได้ขออนุญาตเพื่อทำรอยพระพุทธบาท เพื่อเป็นที่ระลึกถึงพระภูมี อันเป็นตำนานสืบทอดมาจนทุกวันนี้ หากแต่รอยพระพุทธบาทนั้น เป็นการจำลองขึ้นมา หาใช่รอยพระพุทธบาทจริงมาประทับไม่
ในการเสด็จครั้งนั้นเอง พระพุทธเจ้าโคดม ได้เสด็จมาปักกลดอยู่บริเวณชายทะเลในสมัยนั้น ซึ่งก็คือบริเวณถ้ำกระบอก ในปัจจุบันนี้นั่นเอง
ที่มาของถ้ำกระบอก อันมาจากโพรงของถ้ำ ที่ซึ่งถูกน้ำทะเลกัดเซาะ จนเป็นโพรง เมื่อเดินเข้าถ้ำ จะเป็นโพรงขนาดพอดีตัวคน สามารถลงไปด้านล่าง ซึ่งเป็นบริเวณลานกว้าง นั่นเอง
และด้วยเหตุที่ด้านล่าง มีซากโครงกระดูกทั้งสัตว์ และคน มากมาย ทำให้ถ้ำแห่งนี้ ในสมัยปี ๒๕๐๐ จึงถูกขนานนามว่าถ้ำผีดุ ไม่ค่อยมีคนผ่าน
สถานที่นี้ มีตำนาน รากฐาน อันเป็นที่พำนักของพระพุทธเจ้าโคดม เมื่อครั้งเสด็จประเทศไทย และพำนักหลบฝนในอดีต จึงถูกเลือกให้เป็นที่ตั้งสำนักสงฆ์ของแม่ชีเมี้ยน ด้วยประการฉะนี้
สถานที่นี้ แม่ชีเมี้ยนจึงได้ปลุกปั่นพระ ให้มาแสดงนิสัยพระของพระพุทธเจ้า นั่นคือ มุ่งหมายเพื่อตัดกิเลส มีวัตรที่โดดเด่น คือ ฉันมื้อเดียว รถเรือไม่ขึ้น ไม่รับเงิน ธุดงค์เป็นวัตร
ในการนี้ ขณะที่ธรรมยังไม่เฟื่องฟู แม่ชีเมี้ยนก็ได้นำสูตรสมุนไพรมาให้พระได้จัดทำเพื่อช่วยเพื่อนมนุษย์ อันเป็นวัตรที่ทำให้พระถ้ำกระบอกมีชื่อเสียงโดดเด่นไปทั่วโลก
หากแต่น่าเสียดาย ที่พระผู้ปฏิบัติ ที่เป็นผู้นำทั้งสอง คือ ท่านจำรูญ และท่านเจริญ ได้พลิกผันเปลี่ยนเจตนา จนท้ายที่สุด พระผู้น้อง คือพระนิพนธ์ ก็ต้องออกจากถ้ำกระบอก พร้อมลาสิกขา พร้อมกับความเสื่อมลงของถ้ำกระบอก เหลือแค่ตำนานเล่าขานในอดีตเท่านั้นเอง
