พระนครและธนบุรีถูกเครื่องบินฝ่ายสัมพันธมิตรโจมตีทิ้งระเบิด ระหว่างปี พ.ศ. ๒๔๘๕ ถึง ๒๔๘๘ รวม ๓๔ ครั้งด้วยกันคือ ปี พ.ศ. ๒๔๘๕ จำนวน ๕ ครั้ง ปี พ.ศ. ๒๔๘๖ จำนวน ๔ ครั้ง ปี พ.ศ. ๒๔๘๗ จำนวน ๑๔ ครั้ง และปี พ.ศ. ๒๔๘๘ จำนวน ๑๑ ครั้ง
สถานที่ที่ถูกโจมตีได้แก่ สถานีรถไฟหัวลำโพง สถานีรถไฟบางกอกน้อย สถานีรถไฟช่องนนทรี สถานีรถไฟบางซื่อ โรงงานซ่อมสร้างหัวรถจักรมักกะสัน โรงไฟฟ้าวัดเลียบ โรงงานปูนซีเมนต์บางซื่อ สะพานพุทธยอดฟ้า สะพานพระราม ๖ ท่าเรือคลองเตย สนามบินดอนเมือง สถานทูตญี่ปุ่น ที่พักและคลังอาวุธของทหารญี่ปุ่น ที่ตั้งปืนต่อสู้อากาศยานบริเวณถนนกาติ๊บ สนามเป้า กองสัญญาณทหารเรือข้างสวนลุมพินี ประตูทดน้ำบางซื่อ โรงเก็บสินค้าและโรงงาน
ประกอบกับ การมีน้ำท่วมกรุงเทพฯ ช่วงเดือน ตุลาคม ปี ๒๔๘๕ ซึ่งถือว่าเป็นน้ำท่วมที่หนักปีหนึ่งเช่นกัน
แม่ชีเมี้ยน ได้เล่าประวัติหลวงพ่อนิพนธ์ ไว้ว่า
เพราะเหตุใด ท่านจึงบังคับให้ เด็กชายวัย ๑๖ ปี ซึ่งกำลังเรียนอยู่โรงเรียนอัสสัมชัญ และมีสติปัญญาดี กำลังไปสอบเข้าแพทย์กับเพื่อนรักในกลุ่มอีก ๔ คน มาบวชที่ถ้ำกระบอกแทน ณ วันนั้น เพื่อนร่วมก๊วน ๔ คน ได้เป็นนักศึกษาแพทย์ และมีคำหยอกล้อกันว่า พวกเราเป็นหมอ แต่อีกคน เป็นหมอผี ด้วยความไม่เข้าใจนี้วันหนึ่ง แม่ชีเมี้ยน จึงอธิบายให้ฟังว่า
อดีตชาติของท่าน เป็นนายทหารเรือ ยศนาวาตรีของไทย ถูกระเบิดของญี่ปุ่น ทำให้เรือจมลงที่สะพานพุทธ ท่านในขณะนั้น เป็นเสนารักษ์ กอดเสากระโดงเรือ ยอมตายไปพร้อมกับเรือ โดยไม่ว่ายน้ำหนี ช่วงนั้นเอง แม่ชีเมี้ยนได้พายเรือไปในบริเวณนั้น เห็นวิญญาณของท่าน และธาตุความใจเด็ดของท่าน จึงขอมาเกิดในท้อง และยังกล่าวอีกว่า วิชาสมุนไพร ที่จะเรียนจากแม่ เป็นวิชาของพระพุทธเจ้า ที่ท่านใช้กับสาวกของท่าน ดังนั้น ผู้ที่จะเรียนวิชานี้ ต้องฝึกเป็นผู้มีคุณธรรมเสียก่อน เพราะเฉกเช่นเดียวกับธรรมที่พระพุทธเจ้าตรัสรู้ ก็หาได้นำมาหาเงินแม้แต่รูปีเดียวไม่ ให้เป็นทานแก่สาวกที่มีคุณสมบัติ
วิชาสมุนไพรก็เช่นเดียวกัน การจะทำให้เป็นผล ต้องให้เป็นทานเท่านั้น ไม่สามารถนำไปหาเงิน แต่สามารถนำไปหาบุญมาหล่อเลี้ยงชีวิต
ท่านจำรูญ ไม่มีนิสัยเดิมในการช่วยคน จึงอาจเปลี่ยนใจได้ในอนาคต แต่ท่านนิพนธ์ มีนิสัยเดิมอยู่แล้ว จึงเหมาะแก่การเรียน
นั่นจึงเป็นเหตุให้ สองพี่น้องที่เรียนวิชานี้ ต้องให้สัจจะกับฟ้าดิน ก่อนเรียนวิชานี้ ในการไม่นำสมุนไพรไปขาย นั่นคือต้องทำให้เป็นทานเพียงอย่างเดียว เฉกเช่น ในช่วงแรกของถ้ำกระบอก ก่อนที่สิ่งนี้ทำให้ ท่านจำรูญ และท่านนิพนธ์ ต้องแยกจากกัน ในปี ๒๕๑๐ ด้วยท่านจำรูญ มีดำริ ที่จะเก็บเงินจากผู้ป่วยยาเสพติด หัวละ ๕๐๐๐ บาท ซึ่งท่านนิพนธ์ไม่ยอมเด็ดขาด แม่ชีเมี้ยน จึงตัดสินให้ท่านนิพนธ์ ลาสิกขา แล้วนำตำราออกไปจากถ้ำ และกล่าวว่า เมื่อมีปัญหาชีวิต ก็นำตำรานี้ไปหาบุญ เพื่อกอบกู้ ซึ่งก็หลังจากที่ท่านออกจากถ้ำกระบอก ถึง ๒๐ ปี คือในปี ๒๕๓๐ ท่านได้ให้คนไปบอกท่านจำรูญว่า จะขอบวชเพื่อเปิดหลักของแม่ชีเมี้ยนอีกครั้ง โดยมีระยะ ๑ ปี เพื่อหาพระมาเป็นตัวแทน
ดังนั้น ในปี ๒๕๓๐ นั่นเอง จึงเกิดสำนักสงฆ์ ลำบาลี หรือ มนต์บาลี เกิดขึ้น ที่ตำบล โคกตูม อ.เมือง จ.ลพบุรี บนพื้นดิน ของบิดาของท่าน หรือที่คนทั่วไปเรียก
ตาชม บนพื้นที่ประมาณ ๔ ไร่ ในเวลาไม่นาน ก็มีผู้ที่เข้ามาทำการรักษาเป็นจำนวนมาก และเริ่มมีพระที่เป็นผู้ป่วย ที่ได้รับการรักษาแล้วหายดี มาเป็นกำลังประมาณ ๓๐ รูป หลังจากครบ ๑ ปี ท่านก็ได้ลาสิกขา และให้พระชลอ ขึ้นเป็นเจ้าอาวาส ปกครองสงฆ์ โดยท่านจะมีหน้าที่ทำสมุนไพร และสนับสนุนกิจการของพระ เท่านั้น
ด้วยเหตุนี้เอง ลูกศิษย์ที่นับถือ และติดตามมา ก็ยังคงเรียกท่านว่า "
หลวงพ่อนิพนธ์" อยู่ แม้ว่าท่านจะลาสิกขาแล้วก็ตาม และยังคงให้ความเคารพ นับถือ และเรียกคำนี้ เพราะถือว่าท่านเป็นครูบาอาจารย์ ที่ให้ความรู้ในเรื่องของพระพุทธศาสนา และยังเป็นผู้มีพระคุณในการให้ชีวิตใหม่อีกด้วย
ถึงแม้ว่า ผู้คนจะยังสงสัยว่า ถ้าไม่รับเงินแล้วจะดำเนินกิจการได้อย่างไร ท่านก็บอกว่า ต้องมีคนที่ศรัทธา และมีกำลังมองเห็น ประจักษ์ที่เห็นได้ชัดในเรื่องนี้ คือศาลาของสำนักนี้ อันมาจาก บิดาของผู้ป่วยยาเสพติดรายหนึ่ง ซึ่งเป็นผู้รับเหมา เมื่อลูกชายหายและกลับไปเรียนได้ จึงแจ้งว่า เขามีไม้อยู่ชุดหนึ่ง ที่ใช้ในการก่อสร้าง จะทำศาลาให้ แต่ไม้นี้มีอายุไม่นานเพราะเป็นไม้เนื้ออ่อน เขาได้นำมาสร้างศาลาของผู้ป่วย และสิ่งที่น่าอัศจรรย์ ศาลานั้น ยังมีสภาพดีอยู่มาจนทุกวันนี้
คำของแม่ชีเมี้ยน ยังคงดังก้อง
ไม่มีอะไรในโลกชนะกรรมได้ นอกจากธรรมและสมุนไพรของพระพุทธเจ้า วิทยาศาสตร์จะเหนือกรรม เป็นไปไม่ได้ วันหนึ่ง ลูกจะภูมิใจที่เห็นคนเขาประสพความสำเร็จจากการทานสมุนไพร และนำธรรมของพระพุทธเจ้าไปปฏิบัติ ซึ่งไม่มีหมอหรือใครในโลกทำได้ จึงเป็นที่มาของคำที่ว่า "
ธรรมล้างกรรม สมุนไพรล้างโรค" มาจนทุกวันนี้
สิ่งที่มีคุณค่ามากที่สุดในโลก คือมนุษย์ สิ่งที่สูงค่าที่นำมากอบกู้ชีวิตมนุษย์ ไม่ว่า ธรรมของพระพุทธเจ้า หรือสมุนไพร ก็ล้วนแต่ต้องไม่มีราคา มนุษย์ผู้ใด นำธรรมและสมุนไพร ไปตีราคา ย่อมเป็นผู้ทำลายคุณค่า และความศักดิ์สิทธิ์ จะไม่มีวันพบปาฏิหาริย์ของพระพุทธศาสนาและสมุนไพร คำพูดนี้ ได้พิสูจน์ตัวเอง มาเกือบครึ่งศตวรรษแล้ว ซึ่งหลวงพ่อนิพนธ์ มักจะเล่าให้ลูกศิษย์ฟังเสมอๆ
ณ วันนี้ เพื่อนที่เป็นหมอในคราวนั้น บางท่านก็เสียชีวิตด้วยโรคไปแล้ว ที่อยู่ทุกคนก็ล้วนแล้วแต่เป็นโรค เมื่อมาเจอกัน ก็มักจะแซวกันในหมู่เพื่อนว่า สู้หมอผี ไม่ได้
